西罗马帝国灭亡后，欧洲进入了近千年政教合一的中世纪时期，教权统治使文化、哲学、科学、艺术等领域都附庸于神学。彩绘玻璃作为一种艺术形式在这个时期发展达到巅峰，在教堂装饰中运用空前。
这些彩色玻璃花窗是世界上保存最完整、最典型的中世纪彩色玻璃杰作。围绕着圣经故事，这些花窗描绘出近五千个拜占庭风格的人物，它使整个大教堂成为“一座彩色玻璃博物馆”。
早期花窗玻璃多以圣经故事为内容，以光线配合图案的效果感动信徒。而一些教会所在地本地的传说和神话，也会进入其主题之中。近代以来，花窗玻璃彩色玻璃不仅出现在教堂，也在许多一般建筑、室内空间、产品中获得应用。
随着禁令的毁灭浪潮席卷而来，传统彩绘玻璃的技艺几乎失传，直到下一个世纪才被重新发现。19世纪初，英格兰天主教复苏，带动了中世纪教堂哥特式风格的复兴，约翰·罗斯金等人拥护“真正的天主教风格”。许多古老的教堂得到恢复，也促进了彩绘玻璃窗制作的复兴。法国许多教堂在大革命期间也遭到了破坏，从1824年开始，法国瓷器制造商开始生产彩绘玻璃以适应这个时代修复教堂的需求，有许多中世纪优美的彩绘花窗得到了恢复。